Фильм рассказывает о 11-летнем Генри, который, несмотря на свой юный возраст, обладает удивительным умом и способностью анализировать любую ситуацию на несколько шагов вперед. Живущий в обычном пригороде, он всегда защищает своего младшего брата и ведет финансы своей матери. Однако, недостаточно его гениальности для решения всех проблем – например, он бессилен помочь своей соседке-сверстнице, страдающей из-за жестокости своего отчима, который является полицейским.
Несмотря на звонки в службу опеки, жалобы в полицию и разговоры со школьными учителями, ситуация не меняется, и в итоге Генри вынужден прибегнуть к отчаянным мерам. Он разрабатывает план освобождения соседки от тирана и передает матери записи, где подробно описана операция, которая может изменить жизнь девочки.
Однако, внезапно у Генри обнаруживается болезнь, которая ограничивает его возможности и не позволяет самому осуществить задуманное. Эта неожиданная препятствие заставляет мальчика понять, что даже самые гениальные планы могут быть сорваны обстоятельствами, на которые нельзя повлиять.
Фильм исследует тему доброты, сострадания и жертвенности через глаза юного героя, который несмотря на свои ограничения, стремится сделать мир вокруг себя лучше. "Гений Генри" заставляет зрителя задуматься о ценности жизни, смелости и доброте, которые могут изменить мир к лучшему.